بزرگنمایی:

 
با مشخص شدن لایحه بودجه سال 1399 سهم پژوهشگاه‌ها هم از این بودجه‌ 1988 هزار میلیارد تومانی مشخص شد.
به گزارش ایسنا، بنا بر آن چه در لایحه بودجه 1399 آمده است، سهم پژوهشگاه هواشناسی و علوم جو  13 میلیارد و 250 میلیون تومان، پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست‌فناوری 38 میلیارد و 433 میلیون و 200 هزار تومان، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی 20 میلیارد و 706 میلیون تومان، پژوهشگاه میراث فرهنگی و گردشگری 49 میلیارد تومان و پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات اجتماعی پنج میلیارد و 142 میلیون و 500 هزار تومان است.
 بر همین اساس، در سال 1399 بودجه‌ی پژوهشگاه تربیت بدنی و علوم ورزشی 10میلیارد و 864 میلیون و 900 هزار تومان، پژوهشگاه رنگ 20 میلیارد و 252 میلیون و 300 هزار تومان، پژوهشگاه ملی اقیانوس‌شناسی و علوم جوی 28 میلیارد و 23 میلیون و 800 هزار تومان و پژوهشگاه شیمی و مهندسی شیمی 29 میلیارد و 346 میلیون تومان خواهد بود.
بودجه‌ی پژوهشگاه پلیمر و پتروشیمی ایران که وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است 65 میلیارد و 754 میلیون و صد هزار تومان ، پژوهشگاه مواد و انرژی 45 میلیارد و 82 میلیون تومان و همچنین بودجه‌ پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی، 70 میلیارد و 964 میلیون و 500 هزار تومان خواهد بود.
براساس لایحه بودجه 99، مبلغ یک میلیارد تومان به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، برای  سیاست‌گذاری، راهبری و پایش امور پژوهشی و فناوری دانشگاه‌ها، پژوهشگاه‌ها و پارک‌های علم و فناوری اختصاص یافته است.
در سال آینده، بودجه‌ پژوهشگاه علوم غدد و متابولیسم دانشگاه علوم پزشکی تهران 24 میلیارد و 460 میلیون تومان، پژوهشگاه علوم پزشکی دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شیراز 17 میلیارد و 200 میلیون تومان ، پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی وابسته به وزارت جهاد کشاورزی 28 میلیارد و 952 میلیون و پانصد هزار تومان است.
بر همین اساس، پژوهشگاه ارتباطات و فناوری اطلاعات، پژوهشگاه استاندارد و پژوهشگاه علوم و فنون هسته‌ای به ترتیب با بودجه‌  46 میلیارد و 310 میلیون تومان، 28 میلیارد و 845 میلیون تومان  و 185 میلیارد و 873 میلیون و 700 هزار تومان فعالیت خواهند کرد.
در سال 1399، بودجه‌ پژوهشگاه نیرو 108 میلیارد و 628 میلیون و 600 هزار تومان،  پژوهشگاه صنعت نفت صد میلیارد تومان و پژوهشگاه مطالعات آموزش و پرورش 8 میلیارد و 938 میلیون تومان خواهد بود.
پژوهشگاه علوم پزشکی دانشگاه علوم پزشکی یزد 11 میلیارد و 170 میلیون تومان، پژوهشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی 2 میلیارد و 128 میلیون و 600 هزار تومان و پژوهشگاه علوم پایه پزشکی رفسنجان یک میلیارد تومان بودجه برای سال آینده خواهد داشت.
بر اساس آن چه در لایحه بودجه 99 آمده، بودجه‌ پژوهشگاه علوم پزشکی کرمان 3 میلیارد و 900 میلیون تومان، بودجه‌ی پژوهشگاه علوم پزشکی اهواز چهار میلیارد و 910 میلیون تومان،  بودجه‌ پژوهشگاه علوم پزشکی اصفهان پنج میلیارد و 650 میلیون تومان و بودجه‌ پژوهشگاه ربع رشیدی دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی استان آذربایجان شرقی هفت میلیارد و 130 میلیون تومان خواهد بود.
بررسی لایحه بودجه سال آینده نشان می‌دهد پژوهشگاه علوم پزشکی مشهد پنج میلیارد و 790 میلیون تومان، انستیتو پاستور ایران 176 میلیارد و 662 میلیون و 400 هزار تومان، پژوهشگاه بین‌المللی زلزله شناسی و مهندسی زلزله 33 میلیارد و 225 میلیون و 700 هزار تومان و همچنین پژوهشگاه علوم و فناوری اطلاعات ایران 17 میلیارد و 35 میلیون تومان بودجه خواهند داشت.
البته سهم پژوهشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی از بودجه سال بعد محدود به این موارد نیست اما در این گزارش به ذکر بودجه تعریف شده برای برخی مراکز پژوهشی و پژوهشگاه‌ها اشاره شده است.